Sejumlah penelitian, misalnya dari Wahid Institute dan Setara Institute, menyebutkan setidaknya dalam 4-5 tahun terakhir kebebasan beragama dan berkeyakinan di Indonesia terus tergerus. Laporan Wahid Institute menyatakan, pada 2009 terjadi 121 peristiwa pelanggaran kebebasan beragama. Kemudian pada 2010 meningkat 7 persen menjadi 184 peristiwa, dan 2011 mencapai 267. Terakhir, pada 2012, terdapat 278 peristiwa.
Hasil penelitian Setara Institute tak jauh berbeda. Disebutkan ada 135 peristiwa pada 2007, yang meningkat menjadi 265 di tahun berikutnya. Sedangkan pada 2009 terdapat 200 peristiwa, lalu 2010 menjadi 216, dan 2011 ada 244. Yang paling baru, pada 2012 terjadi 264 peristiwa pelanggaran kebebasan beragama.
Sedangkan dari sisi korban, selama 2012 saja, laporan kedua lembaga itu sama-sama menyebutkan umat Kristen/Katolik sebagai yang paling rentan. Disusul oleh aliran keagamaan minoritas, kelompok terduga sesat, Jemaah Ahmadiyah Indonesia, dan pengikut Syiah.